过去太田痣的治疗非常困难。常规的治疗方法有：冷冻治疗，普通的激光治疗，外科手术（磨皮术或植皮）等。由于病损的部位很深（在表皮的下方），决定了上述治疗方法非常不理想。
冷冻治疗：治疗缺乏选择性，是从皮肤表面一层一层地由表及里地冻伤组织，由于病损部位深，所以冷冻治疗极易留下瘢痕。事实上冷冻治疗深度是不够的，难以达到理想的疗效，事实上大部分病人治疗无效。普通激光治疗：同样这种激光治疗也缺乏选择性，也是将皮肤由表及里一层一层地烧灼掉，因此治疗后一定会留下瘢痕的。
外科治疗：一是采用将病损区皮肤磨去（就象水磨石地那样），或将病损区皮肤切除，最后植皮。这种治疗方法无疑会留下明显的瘢痕，如果植皮，所植的皮肤会非常不自然，即使最成功的手术，治疗的结果看上去尤如脸上“打了一个补丁”一样。
以上的这些老式的治疗方法或疗效差，或会留下明显的瘢痕所以目前有条件的医院已不再使用这些方法进行治疗。 需要说明的是，一些江湖医师或少数基层医师从经济利益出发，采用化学剥脱方法（即将一些具有腐蚀性的药物涂于病损部位，也有外涂中药）来治疗太田痣，这是非常危险的，也是不科学的，他们有时会钻空子并借助广告大势宣传，引起误导。是引起医疗毁容事件的重要原因之一。 90年代高科技Q开关激光的诞生，太田痣的治疗获得了革命性的变化，这种方法治疗选择性强，能做到既能消除太田痣，又能不留疤痕。
